Septiembre es un mes de transición hacia la segunda temporada lluviosa, especialmente en las regiones Andina y Caribe. Durante este periodo se presenta la influencia del tránsito de ondas tropicales del este, la actividad ciclónica del Océano Atlántico y Mar Caribe y la migración de la Zona de Confluencia Intertropical (ZCIT) del norte hacia el centro del país. La Orinoquía está atravesando su época de mayores precipitaciones y para éste mes, se espera que éstas dependan más de las fluctuaciones asociadas a la Zona de Convergencia del Atlántico Sur (SACZ).
Algunos modelos de predicción climática nacionales y otros presentados por centros internacionales, sugieren para septiembre precipitaciones cercanas a los promedios históricos excepto en el centro de la región Caribe y centro-norte de la región Pacífica, donde existe una probabilidad de que se presenten volúmenes de precipitación por encima de lo normal. Para el norte y noroccidente de la región Andina, la Orinoquía y la Amazonía, se prevén déficits en los volúmenes de precipitación.
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